Vakuuma sūkņi tiek plaši izmantoti, bet tie arī saskaras ar daudziem praktiskiem lietojumiem.
1. Aizzīmogošanas problēmas: vakuuma sūkņiem ir nepieciešama ārkārtīgi liela blīvēšanas veiktspēja. Ja blīvējums neizdodas, sūkņa efektivitāte tiks ievērojami samazināta.
2. Nodilums un eļļošana: darbības laikā berze starp lāpstiņām un rotācijas lāpstiņas vakuuma sūkņa iekšējo sienu izraisa nodilumu. Turklāt sūkņa iekšējai eļļošanas sistēmai nepieciešama regulāra pārbaude un apkope.
3. Gāzes korozija un piesārņojums: sūknētā gāze var saturēt kodīgas vielas vai piemaisījumus, kas var sabojāt sūkņa iekšējo struktūru un saīsināt tās kalpošanas laiku.
4. Enerģijas patēriņš un vides aizsardzība: Pieaugot izpratnei par vidi, vakuuma sūkņa enerģijas patēriņa un izmešu samazināšana ir kļuvusi par galveno uzmanības centrā nozarē.